Petra antik kentine ait ilk kalıntılar yaklaşık MÖ 10.000’e tarihlenen üst paleolitik döneme ait kaya sığınağıdır. Yaklaşık MÖ 5000 yılına tarihlenen Neolitik dönem köy kalıntıları ortaya çıkartılmıştır. Petra bölgesi Eski Ahit’te MÖ 1200 civarında erken Demir çağında Edom(kırmızı) olarak geçer. Petra ilk defa tarihsel kaynaklarda MÖ 647 yılında Asur Krallığının düşmanları arasında sayılır ve kent bu şekilde yazılı tarih sahnesine çıkar.
MÖ 4 – 6 yüzyıllarda Arap Yarımadasının kuzey kesiminde yaşayan göçebe Nebati kabilesi, güneyde Edomluların kontrolünde bulunan kumtaşı kayalıklardan oluşan Petra bölgesini yavaş yavaş ele geçirdi. Petra kenti aynı zamanda Musa Peygamberin vadisi anlamına gelen Wadi Musa’nın başında yer alır ve Musa Peygamberin burada asasını yere vurarak yerden su fışkırdığına inanılan kutsal yerlerdedir. Aynı bölge Nebatiler döneminde kutsal tanrı olarak inanılan Dushara kutsal alanı olarak da saygı duyulan yerlerin başında gelmiştir.
MÖ 1200 yılından sonra sürekli yerleşim bulunan Petra Antik Kenti antik kervan yollarının üzerinde bulunması, kumtaşı kayaların doğal bir savunma sistemi oluşturması, insanların antik çağa göre çok üstün bir mühendislik bilgisi ile yapılmış olduğu kanal sistemi ve baraj sayesinde istikrarlı su kaynaklarının bulunması, Nil vadisi gibi zengin tarım alanlarına yakın olması ve hayvancılık açısından uygun konumda bulunması nedeniyle uzun süre tarih sahnesinden silinmemiş ve günümüzde Dünyanın Yeni Yedi Harikasından biri olarak anılmasına neden olan başyapıtların ortaya çıkmasını sağlamıştır.
Petra antik kentinin parlak dönemlerini yaşamasının ve zenginliğe ulaşmasının temel nedeni antik çağda çok kritik iki ticaret yolunun kesişme bölgesinin çok yakınında olmasıdır. Akdeniz’i yani Eski Yunan ve Roma İmparatorluğunu, Fars coğrafyasına yani Hindistan ve Çin’e (İpek ve Baharat Yolu) bağlayan antik ticaret yolu ile Kızıldeniz ve Suriye’yi birbirine bağlayan yani Anadolu ve Mezopotamya topraklarını Mısır ve Kenan’a bağlayan ticaret yolu Petra Antik Kentine yaklaşık 20 km uzaklıkta kesişiyor ve bu yollar kentin zenginliğine zenginlik katıyordu. Gerçi Nebatiler ilk dönemlerde antik çağ ticaret kervanlarını yağmalamışlar ancak zamanla kervanların güvenliğini sağlamak için vergi toplayarak şehri bir ticaret merkezi haline getirmişlerdir. MÖ 2. Ve 3. Yüzyıllarda şehir kervan ticaretinin zengin ve güçlü bir merkezi haline gelmiştir. Bu zenginlik sayesinde Nebatiler MS 106 yılına kadar yani yaklaşık 400 yıl boyunca Petra’nın yumuşak kumtaşı kayalarına anıt mezarlar, görkemli tapınaklar, kaya mezalar, evler, ticarethaneler inşa etmişlerdir. Başlangıçta daha çok Mısır ve Asur etkisinde yapılar inşa etseler de, sonrasında eski Yunan ve Roma etkisinde kalmış kendilerine özgü mimari eserler vermişlerdir. Bu yapıtların çok büyük bölümü günümüze kadar ayakta kalmıştır. Bu eserlerin günümüze kadar korunmasının temel nedeni bölgenin çok az yağmur almasıdır. Eğer bölge yağışlı bir yerde olsaydı kayaya oyulmuş eserlerin büyük bir bölümü suyun etkisiyle ufalanır ve yok olurdu.
MS 106 yılında Nebati Krallığı Roma İmparatorluğunun kontrolüne girmiştir. Roma döneminde birkaç yüzyıl daha Petra antik kentine çok sayıda yapı ve kaya bir yamaca 8000 kişilik bir tiyatro inşa edilmiştir. MS 324 yılında Roma İmparatoru Konstantin’in Roma İmparatorluğunun dini olarak Hristiyanlığı seçmesi ile birlikte şehir Hristiyanlaştırılmış ve Nebati kültürü büyük ölçüde ortadan kalkmıştır. Sonraki 300 yıllık dönemde kent Bizanslıların egemenliğine girmiştir. Semaverler türbesinde bulunan bir yazıtta 5. Yüzyıla kadar kentte bir piskoposluğun bulunduğu sonrasında Hristiyan kilisesine dönüştürüldüğü tespit edilmiştir.
Nebati kültürünün Hristiyanlık ile birlikte ortadan kalktığı şehir, ticaret yollarının değişmesi sonrasında altın çağlarının gerisinde kalmıştır. İslam dinin ortaya çıkması ile birlikte şehir yavaş yavaş İslam güçlerinin kontrolüne girmiştir. 7. ve 8. Yüzyılda meydana gelen depremler sonrasında şehir çöküş dönemine geçmiştir. Sırasıyla 661yılında Emevilerin, 750 yılında Abbasilerin kontrölüne giren kent önemini iyice yitirmiştir. Bu dönemden sonra yalnızca 12. Yüzyılda şehre önemsiz bir haçlı kalesi inşa edilmiştir. Sonrasında şehrin tamamen terk edildiği gözlenmektedir.
Yerel halk tarafından bilinmesine rağmen antik kentin tarih sahnesine yeniden çıkışı1812 yılında gerçekleşmiştir. İsviçreli maceraperest Johann Burckhardt akıcı Arapçası ve Müslüman görüntüsü ile Ortadoğu’da geziler yapan bir kâşifti. Şam’dan Kahire’ye giden ve az bilinen bir yol üzerinde yolculuk yaparken çöl bedevilerinden hiçbir Avrupalının görmediği Sharra Dağlarında görkemli bir antik kentin bulunduğuna dair hikâyeler dinledi. Hikâyedeki antik kente ulaşması çok kolay olmadı. Çünkü antik kente bir yabancı olarak gitmesi çok kolay değildi. Yerel halk antik kent çevresinde Musa Peygamberin kardeşi Harun’un (Aaron) mezarının olduğuna inanıyordu. Oda bu bilgiyi kullanarak Musa Peygamberin kardeşi Harun’un (Aaron) mezarına kurban adamak istediğin söyledi. Bu olayı gerçekleştirmek için yerel halktan bedeviler kiraladı ve kurbanla birlikte yola çıktı. Yerli bedevilerin yol göstermesiyle uzun süre dar bir vadide ilerleyen grup maceraperest Johann Burckhardt’ın Dünyanın Yeni Yedi Harikası arasında sayılan Petra Antik kentini “yeniden keşfetmesini” sağladı.
